Аналогия
Шрифт:
Есть и более странные факты. Один и тот же ген в мозговой ткани активен и нарабатывает белок. А в почках он же представлен безинтронным псевдогеном.
Полагаю, что нужно воздержаться от преждевременных суждений и бранных эпитетов, пока мы не разберемся до конца в этой сложной ситуации. Думаю, что, пока выйдет в свет эта книга, многое уже будет ясно.
А пока посмотрим, не поможет ли нам, хотя бы в построении гипотез, аналогия с лингвистическими текстами.
Монморенси — последовательность уникальная. Еще 10 лет назад в статьях по структуре генома были модными графики, по которым можно было определить распределение нуклеотидных последовательностей по скорости отжига, реассоциации. На оси абсцисс (ось Х) у них обычно откладывалась не скорость реассоциации, а величина c0t — произведение начальной концентрации денатурированной ДНК на время отжига. А так как эта величина в одном
Читается c0t как «це-ноль-тэ», но на лабораторном жаргоне говорили — «кот» («мы отожгли ДНК до ста котов»). Жаргонное словцо хорошо свидетельствует о популярности метода. В самом деле, при равных объемах геномов c0t связано с копийностью (числом повторов) прямой зависимостью.
На оси ординат (ось Y) откладывали процент данной фракции в геноме, только шкала была перевернута.
Эти так называемые кривые кинетики реассоциации сыграли свою роль, да и сейчас часто используются. Вспомнил я о них вот по какой причине. Любой человеческий язык несколько условно можно трактовать как состоящий из двух категорий слов (или частей слов). Первая категория состоит из слов, за которыми стоят какие-то объективные реалии. Это корни существительных, прилагательных и глаголов.
Вторая категория — флексии, предлоги, приставки, артикли, окончания — то, что придает смысл корням, но без них самих смысла не имеет. С другой стороны, один корень без соответствующих «добавок» становится невразумительным. Например, что значит английское слово strike? Не спешите с ответом. The strike — забастовка (существительное). A to strike — бастовать (глагол). Отдельно же взятый артикль ни о чем не говорит, как и частица to.
А если в генетических текстах структурные гены выполняют функцию корней слов первой категории (ведь за ними стоят реалии — аминокислотные тексты белков), а повторы и некодирующие белков УП играют роль слов второй категории? Тогда станет ясно, что они столь же необходимы в ДНК-тексте, как и структурные гены. Попробуйте в разговоре и письме обойтись одними корнями.
Эгоистичность повторов иногда доказывают таким доводом: у вида А такой повтор есть, а у вида Б нет. Значит, он не нужен.
Аналогичное рассуждение: в немецком языке есть артикли, характеризующие род существительного. Родственные артикли в английском превратились в детерминативы существительных (категория рода в английском языке отмирает). А в русском языке артиклей нет вообще, они не нужны. Значит ли это, что они не нужны и в немецком, английском и французском языках?
Вопрос мой явно риторический. Приведу пример из мемуаров французского подводника Ж. Уо. Погружаясь в батискафе с директором биостанции Вильфранш Трегубовым, русским по происхождению, Уо сокрушенно называет его блестящим собеседником, по непонятной причине опускавшим решительно все артикли. Сорок лет прожив во Франции, он так и не привык к ним — по той причине, что в русском языке их заменяют другие вспомогательные слова.
Такие соображения привели меня лет десять назад к идее одного эксперимента (если его можно так назвать). Я взял английский текст (первую главу из общеизвестной книги Д. К. Джерома «Трое в одной лодке…») и на досуге выписал из нее все слова, определив частоту их встречаемости. А затем построил график, аналогичный кривой кинетики реассоциации ДНК — только вместо c0t взял частоту встречаемости слов в тексте.
Получилась довольно наглядная кривая, которую коллеги принимали именно за этот образец. Четко выделились высокоповторяющиеся последовательности (the, a, an, to), средние повторы (in, on, into, — ing). И, наконец, уникальные. Туда же попал и Монморенси — ведь кличка знаменитого фокстерьера встречается в первой главе только один раз.
Почему я взял англоязычный текст? С ним легче работать, легче отстраниться. Сейчас я думаю, что русскоязычный дал бы еще более четкую картину — за счет флексий. Человек, владеющий персональным компьютером, был бы способен на анализ более протяженных и сложных текстов, и аналогия выступила бы еще нагляднее.
Повторяю, аналогия не доказательство, а лишь повод для выдвижения гипотезы (или спекуляции, если хотите). Структурный ген, кодирующий белок, — это только корень слова. Он обретает смысл лишь при взаимодействии с другими последовательностями, которые играют роль вспомогательных слов в языке. Вирусы и отчасти бактерии практически не имеют повторов в своих простых геномах. Их «язык» напоминает, если хотите, тот язык, на котором говорил Тарзан в некогда популярных фильмах. Но закодировать на нем достаточно большой объем информации о построении сложного фенотипа невозможно.
Опираясь на этот нехитрый эксперимент, я мог уже целеустремленно искать в литературе сведения о функциональной роли повторяющихся последовательностей
и тех механизмах, которые обеспечивают помехоустойчивость генетических сообщений.Но это уже другой вопрос, тема следующей главы. До сих пор мы говорили о статике, о структуре генетических сообщений. В следующей главе придется говорить и о динамике, об эволюции генетических текстов — начиная с момента происхождения жизни.
В заключение хочу оговориться. Я отнюдь не считаю все последовательности ДНК функционально значимыми. Подобно тому, как все организмы имеют так называемые рудиментарные органы, ныне бесполезные, но свидетельствующие об их истории, так и их геномы могут содержать реликтовые последовательности, гены-рудименты, не играющие сейчас никакой роли или очень мало значимые. Все дело в количественной оценке феномена. Не только 96%, но и 30% ДНК «мусорной» и «эгоистической» в процессе эволюции в геноме не удержится.
А сейчас перейдем к третьей главе. В начале ее нужно обсудить вопрос: нужен ли господь бог для синтеза первого гена или же, как сказал Лаплас Наполеону, можно обойтись без этой гипотезы?
Глава III.
Есть ли жизнь на Земле?
Оро:…Как сказал один шутник, по теории вероятностей мы все должны были быть мертвецами. Тем не менее, мы живы.
Чаргафф: Но мы все-таки умрем.
Мора: В том-то и беда.
В прошлой главе мы пришли к выводу, что так называемые структурные гены, кодирующие аминокислотные последовательности белков — это лишь, если угодно, корни слов, но не сами слова и тем более не осмысленные предложения. Тем самым вопрос о «лищней» ДНК в значительной мере снимается. Если же мы учтем, что в передаче информации по каналу с высоким уровнем шума код должен быть помехоустойчивым, становится ясной та непонятная щедрость природы, с которой она наделила ДНК наши клеточные ядра. Это не исключает возможности существования в геноме своего рода реликтовых последовательностей, не несущих в настоящее время определенной функции («гены на пенсии или в творческом отпуске»). Но доля их в геноме не может быть значительной, они не должны мешать генам активным, ибо довлеет дневи злоба его.
На уровне построения фенотипа (клеток, тканей, органов) также существуют структуры, для организма в данный период эволюции бесполезные (рудиментарные органы вроде зачаточных тазовых костей у китов и удавов, мышцы, двигающие ушной раковиной у человека, человеческий аппендикс и многое другое).
Аналогичная картина наблюдается и в мемофондах. Мы знаем лишние буквы в алфавите и слова в языках, рудименты старых технологий, обычаев и идеологий. Простой пример: раньше обшлага камзолов отворачивались и пристегивались на пуговицы. Теперь этого нет, но на рукавах каждого пиджака с упорством, достойным лучшего применения, пришивают по три пуговицы. Не столь уж безобидный рудимент, хотя бы для нашей страны. Сколько пиджаков в РФ, статистика не знает, как не знает и числа стульев. Допустим, что каждый гражданин мужского пола имеет хотя бы один пиджак (140 млн.). Это соответствует 840 млн. пуговиц, которые ничего не пристегивают. Без малого миллиард, а ведь это пример безобиднейшего реликта. Несравненно больше вреда «пуговицы на обшлагах» приносят не в технологиях, а в самых консервативных областях мемофондов — обычаях, обрядах, идеологиях. Но об этом у нас еще будет время поговорить.
Сейчас рассмотрим несколько иной аспект проблемы. Существуют ли какие-нибудь связи в последовательности нуклео-тидов — в нуклеотидном «тексте»? И опять начнем с аналогии — рассмотрим лингвистические тексты.
Как вы помните, энтропия на символ русского текста около 5 бит, но при условии, что все буквы одинаково вероятны. Такой текст можно получить, если 32 буквы кириллицы (без различения букв е и ё, ь и ъ, как на телеграфе) написать на бумажках, а затем вытаскивать их из урны, записывать вытянутый символ и возвращать бумажку обратно. Сначала я хотел сделать это сам, но потом решил воспользоваться моделью Р. Л. Добрушина (его примеры цитируются в ряде книг). Вот какая фраза у него получилась: