Викиномика. Как массовое сотрудничество изменяет всё

Исследователи, включённые в OpenWetWare, проект Массачусетс ского технологического института, разработанный для обмена экспертными оценками, информацией и идеями по биологии, возвещают приход Науки 2.0. Двадцать лабораторий в различных институтах по всему миру уже используют сайт, выстроенный по типу Википедии, для обмена данными, стандартизации исследовательских протоколов и даже обмена материалами и оборудованием. Исследователи предполагают, что этот сайт станет полигоном для экспериментирования с более динамичными методами раскрытия и оценки научной работы. Лаборатории планируют генерировать RSS-потоки, которые поставляют результаты, как только они опубликованы, и используют методику вики для создания и изменения отчётов. Другие предлагают адаптировать функцию читательской оценки публикаций, аналогичную используемой на Amazon, что сделает пиринговое рецензирование быстрее и прозрачнее.

В то же время учёные Европейского института биоинформатики [231] используют услуги Сети, чтобы в корне изменить методы, которыми они извлекают и интерпретируют данные из различных источников, и создать абсолютно новые услуги, основанные на информации. Представьте, например, что вы хотели найти все данные, которые существуют о животном, от его систематики и генетической последовательности до ареала обитания. Теперь представьте, что у вас есть возможность собрать вместе последнюю информацию об этом животном из всех биологических баз данных мира просто одним кликом мыши. Это не преувеличение. Такая возможность существует уже сейчас.

231

European Bioinformatics Institute.

В последних публикациях по вопросам научных данных, редакторы журнала Nature (одного из ведущих научных изданий мира) предполагают, что для использования эффективности сетевых услуг научные институты должны пересмотреть методы сбора и управления данными. [232] Сетевые сервисы работают, только если компьютеры подключены к данным в реальном времени. Многие крупные общественные базы данных, такие как GenBank, уже дают возможность беспрепятственного доступа к своей информации. Но, как утверждает Nature, многие исследовательские организации всё ещё цепляются за устаревшую, ручную политику предоставления доступа к данным, что мешает развитию сетевых услуг.

232

"Let data sbeakto data," Nature, том 438, номер 531 (l декабря 2005 г.).

Как пишет Nature, учёные немало инвестируют в сбор данных, поэтому понятно, что многие считают справедливым сохранение привилегированного доступа к результатам. Но существует большой объём данных, которые не нужно хранить за забором. Лишь немногие организации понимают, что, раскрывая свои данные по лицензии Creative Commons, они могут особо оговаривать и права, и выгоды от повторного использования данных, с помощью машин предоставляя непрерывный доступ.

Редакторы Nature закономерно отмечают, что, по мере того как веб-сервисы будут предоставлять всё больше возможностей учёным, самым значительным препятствием для воплощения этих идей станет культура. [233] «Конкуренция в науке никуда не исчезла, — говорят они, — но создание значимой выгоды для тех, кто обменивается информацией, важно для поощрения разнообразия механизмов, с помощью которых исследователи могут внести своей вклад в сферу человеческих знаний». [234]

233

Например, немногие учёные полагают, что бумажная система научных публикаций отомрёт в ближайшем будущем, — хотя бы потому, что академическая система оценки и вознаграждения основана именно на таких публикациях. Как говорит Пол Кемп, «всё равно всё заканчивается публикацией в журнале, который читают такие же учёные — именно это является основой для продвижения и пребывания в должности». По мнению Пола Майерса, биолога из Университета Миннесоты, ведущего свой блог на сайте Pharyngula, более динамичные и ориентированные на сотрудничество формы коммуникации не заменят традиционные публикации, а дополнят их. Майерс называет привычные научные публикации «статичными» и «крайне ограниченными». Тем не менее он подчеркивает, что «стандартная публикация не может быть заменена ничем другим — это однозначный документ, который может архивироваться и который служит определённой вехой в процессе работы». Цит. в статье Declan Butler, "Science in tie web age: Joint efforts." Nature, том 438, номер 531 (l декабря 2005 г.).

234

"Let data sheak to data," Nature, том 438, номер 531 (i декабря 2005 г.).

Эти проблемы являются переходными. В своё время косность культуры уступит место новым улучшенным механизмам работы и сотрудничества. Институциональная замкнутость, близорукая информационная политика и статичная, скрупулёзная работа по созданию научных публикаций станут представлять собой огромные камни преткновения на пути сетевых научных сообществ, которые расцветают на основе открытого и быстрого общения. Как речной поток смывает продукты разложения, наводнение пиринговых проектов в науке снесёт старые политику и практику.

Крупные открытые совместные проекты, такие как проект «Геном человека», если быть точными, при сегодняшних условиях были бы невозможны, если бы не Интернет и не возникновение всё более распределённых систем сбора, оценки и распространения знаний. Правда, всегда останется место для медленных, трудоёмких, методичных аспектов научных исследований. Однако с увеличением скорости исследований будет всё меньше смысла в накоплении новых научных идей, методов и результатов в доступных только по подписке журналах и больше смысла в платформах для широко доступного совместного изучения, которые обновляются с каждым новым открытием.

Сословие доконкурентного знания

Говоря о проекте «Геном человека», стоит отметить, что это, безусловно, одна из важнейших научных инициатив нашего времени. Когда в 1986 году появились попытки составить карту генома человека, учёные имели лишь слабое представление, как действует эта фундаментальная часть нашего бытия, и, в большой степени, они до сих пор этого не понимают! Но благодаря масштабным, распределённым в пространстве совместным проектам между институтами, странами и научными дисциплинами, потребовалось более пятнадцати лет для решения вопроса, и сейчас мы продвинулись намного дальше, чем были в 1986 году.

Учёные давно подозревали, что наши гены определяют то, как мы выглядим, насколько умны, насколько мы способны сопротивляться инфекциям и даже как мы себя ведём. Но вооружённые полностью описанным геномом учёные сейчас убеждены, что эти микроскопические спирали ДНК составляют что-то вроде операционной системы человека. Изучение того, как «программировать» эту операционную систему, может содержать ключ к лечению страшных болезней, например болезни Альцгеймера, диабета и рака. Применение этих исследований в таких областях, как сельское хозяйство и экология, может помочь нам избавиться от мирового голода и лучше заботиться о планете.

Но для нас проект «Геном человека» важен ещё по одной причине: он иллюстрирует ключевой тезис данной главы. Проект представляет собой водораздел, когда несколько фармацевтических фирм отставили в сторону свои частные программы по изучению генома человека и решили поддержать открытые совместные проекты. Обмениваясь базовой информацией и сотрудничая за пределами отдельных институтов, эти смелые компании поставили под вопрос уверенность в том, что ранние исследования и разработки лучше вести отдельно и в рамках секретных лабораторий. В результате они смогли уменьшить расходы, ускорить новые разработки, обогатить акционеров и, конечном итоге, помочь обществу быстрее получить результаты генных исследований.

Так к чему же стремились эти компании? Мы называем их «сословием доконкурентного знания», [235] и хотя это несколько трудно произносимый термин, мы говорим о чём-то большем — о новом коллаборативном подходе к исследованиям и разработкам, при котором схожие в своих убеждениях компании (иногда являющиеся конкурентами) создают общие пулы отраслевых знаний и процессов, на которых строятся новые разработки и отрасли.

Перспективы генных исследований

235

Precompetitive knowledge commons.

Благодаря этим усилиям, гонка за описанием генома человека оставит потомкам впечатляющее наследие. GenBank, хранилище генных последовательностей Национального института здоровья США, [236] и другой связанной с этим информации, сейчас является крупнейшей в мире общественной базой генетических данных. Это кульминация бесчисленных общественных и частных усилий, которые сделали генетическую информацию общедоступной.

Этот публичный ресурс обещает быть невероятно важным. Он предоставляет инфраструктуру для бесплатной научной информации миллионам биомедицинских исследователей и на десятилетия подталкивает дальнейшие разработки. Недавняя статистика GenBank уже демонстрирует его растущую ценность. В августе 2005 года исследователи собрали и распространили более 100Гб данных о последовательностях генов. Это 100 миллиардов «писем» с генетическим кодом более 165 тысяч организмов. Для сравнения, 100Гб — это база из юо миллиардов пар ДНК, что чуть меньше количества звёзд в Млечном Пути.

236

National Institute for Health.